Los ninjas aparecieron en el Japón medieval y sirvieron como espías, exploradores y saboteadores de reconocimiento. Vestían ropa oscura, se cubrían la cara y operaban principalmente de noche, moviéndose en silencio y completando las tareas asignadas. Todos los ninjas dominaban el arte del ninjutsu. Básicamente, los ninjas son un tipo de guerrero utilizado en operaciones especiales, como las fuerzas especiales japonesas. Al héroe del juego Ninja Speed Runner también se le confía una misión secreta, por lo que se mueve rápidamente. Shurikens vuelan hacia él, de los cuales debe esquivar y tú lo ayudarás con esto, obligando al héroe a saltar o agacharse en Ninja Speed Runner.
